La Escuela Diocesana Vocacional Juan XXIII fue fundada en 1978, surgió como Instituto Diocesano Vocacional Oficial Juan XXIII en 1982 bajo la dirección del Pbro. Ricardo Humberto Cea Salazar (QEPD) y Monseñor Marco René Revelo (QEPD) y estaba ubicada en el edificio del actual Seminario Mayor Juan XXIII en Santa Ana.

El 1 de Octubre de 1999 se autoriza la modificación de la naturaleza del nombre y se adoptó el de “Complejo Educativo Diocesano Juan XXIII”, funcionando con los niveles de Educación Parvularia, Educación Básica y Educación Media, con acuerdo No. 15-5386. Seguidamente el 3 de Enero de 2001, se autoriza una nueva modificación en el nombre: “Complejo Educativo Católico Juan XXIII”,  

No.15-0357.

 Es una institución bajo el Convenio de Cooperación Administrativa entre el Gobierno de El Salvador por medio del Ministerio de Educación y la Iglesia Católica a través de la Conferencia Episcopal de El Salvador de fecha 18 de Abril de 1997, tiene modalidad de administración CECE (Reglamento del Consejo Educativo Católico Escolar “CECE”, de fecha 18 de Abril de 1997). La rectoría la asume quien funge como párroco en la Parroquia Madre del Salvador  (Reglamento de los Centro de Educación Católica de El Salvador, de fecha 30 de Octubre de 1997).